Pour les études analytiques, il est aussi possible de formuler des hypothèses.

L’hypothèse est une réponse ou une tentative de réponse aux questions posées. Il faut employer une phrase affirmative autant que possible. Exemple : les hommes et les femmes seront affectés de façon différente par la caféine. Il existe deux types d’hypothèses : les hypothèses nulles et les hypothèses alternatives. L’hypothèse nulle précise qu’il n’y a pas de différence significative entre 2 paramètres pour lesquels on recherche une association possible. L’hypothèse alternative est formulée d’après les connaissances disponibles, d’après les suppositions logiques et spécifie qu’il y a une association entre les 2 paramètres énoncés auparavant. Toutes les hypothèses doivent être testées statistiquement, de façon à déterminer si l’hypothèse nulle ou l’hypothèse alternative est vérifiée par l’étude.